• Beenden Sie den Tomcat-Dienst
• Sichern Sie die Verzeichnisse conf und webapps
• Sichern Sie die Datenbankdateien direkt unter 'Apache Software Foundation'\Tomcat x.x\gn.*
  (bei Geonetwork 2.6.3 liegen die DB-Dateien im webapps-Verzeichnis und müssen nicht extra gesichert werden)
  Hinweis: liegt hier noch eine *lock-Datei, dann ist der Dienst nicht sauber heruntergefahren, dies erst tun, es darf kein lock mehr vorhanden sein, sonst klappt das wiederherstellen nicht
• Sichern Sie die JAVA-Variablen, so wie im Tomcat-Reiter 'Java' eingestellt
• Notieren Sie die Ports und den Adminaccount für Tomcat (stehen auch in conf/server.xml)
• Der Tomcatdienst muss beendet sein, schließen Sie alle in Editoren geöffneten Tomcatfiles (z.B. Logs), damit die Deinstallation reibungslos klappt
• Deinstallieren Sie den Tomcat
  Achtung: bei der entsprechenden Nachfrage werden tatsächlich alle Dateien gelöscht (auch conf und webapps), behalten Sie die Daten am besten vorerst und benennen Sie das Verzeichnis 'Apache Software Foundation'\Tomcat x.x vor dem nächsten Schritt um (kann dann nach erfolgreicher Migration gelöscht werden)!
  Sollte es keine Deinstallation geben (weil nicht über den Installer installiert, dann den Dienst deregistrieren mit:
  

  service.bat uninstall tomcat9
  (evtl. muss die Umgebungsvariable JAVA_HOME vorher noch korrekt gesetzt werden)

• Installieren Sie den neuen Tomcat (über den Installer, per Hand führte bei mir zu Startproblemen, weil einige Fileberechtigungen nicht stimmten)
• Starten Sie den Tomcat noch nicht oder beenden Sie den Tomcat wieder
• Mergen der relevanten Konfigurationsdateien: typischerweise server.xml, tomcat-users.xml
  (also in die neuen Dateien alle manuellen Änderungen aus den alten Dateien übernehmen, wie z.B. die Ports, falls diese nicht mehr die Standardwerte haben)
• Kopieren Sie alle Anwendungsverzeichnisse (z.B. geonetwork) und war-Dateien aus der Sicherung zurück in das neue webapps-Verzeichnis (aber nur die eigenen Anwendungen, nicht die Tomcat-Ordner!)
• Kopieren Sie die Datenbanken dazu zurück (siehe oben Punkt Sicherung)

• Falls nicht per Setup schon geschehen, installieren Sie den Dienst neu: service.bat install

• Starten Sie die Managementanwendung von Tomcat:
  

  tomcat9w //MS// (registriert das Icon in der Taskbar)

  Setzen Sie den Haken bei Java 'Use default' wieder (falls vorher gesetzt und damit das per Umgebungsvariabel definierte Java verwendet werden soll)
• Übernehmen Sie alle benutzerspezifischen JAVA-Parameter (z.B. wegen OutOfMemory siehe oben)
• Starten Sie den Tomcat

Nun sollte alles wieder funktionieren.

Anleitung habe ich verwendet für:

• Auswechseln des Tomcat 7 durch einen Tomcat 8.5.
• Aktualisieren eines Tomcat 9 auf die letzte Minorversion